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剑楠的笔记本

医学影像文件常见格式

医学影像文件常见格式

医学图像是反映解剖区域内部结构或内部功能的图像，它是由一组图像元素——像素（2D）或立体像素（3D）组成的。医学图像是由采样或重建产生的离散性图像表征，它能将数值映射到不同的空间位置上。像素的数量是用来描述某一成像设备下的医学成像的，同时也是描述解剖及其功能细节的一种表达方式。像素所表达的具体数值是由成像设备、成像协议、影像重建以及后期加工所决定的。

Analyze¶

简介¶

Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据

NIFTI¶

简介¶

标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料。由于NIFTI格式和Analyze格式的关系，因此NIFTI格式也可使用独立的图像文件（.img）和头文件（.hdr）。可以使用ITK-SNAP软件打开查看。NIFTI格式主要是为了克服以前数据格式问题而引入的，先前格式的主要问题可能是缺乏有关空间方向的足够信息，以致于不能明确解释存储的数据。尽管该文件被许多不同的成像软件所使用，但是缺少足够的方向信息，某些（尤其是spm）必须为每个分析文件包括一个描述方向的随附文件，例如带有扩展名的文件.mat

数据读取¶

读取.nii.gz文件获取三维视角¶

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D

example_filename = './fixed.nii.gz'
img = nib.load(example_filename)
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

读取.nii.gz文件获取水平切面图¶

#查看和显示nii.gz文件

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib

example_filename = './fixed.nii.gz'
img = nib.load(example_filename)
width, height, queue = img.dataobj.shape
num = 1
for i in range(0, queue, 8):
    img_arr = img.dataobj[:, :, i]
    plt.subplot(5, 4, num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1

plt.show()

DICOM¶

简介¶

DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)是指医疗数字影像传输协定，是用于医学影像处理、储存、打印、传输的一组通用的标准协定。它包含了文件格式的定义以及网络通信协议。DICOM是以TCP/IP为基础的应用协定，并以TCP/IP联系各个系统。两个能接受DICOM格式的医疗仪器间，可通过DICOM格式的文件，来接收与交换影像及病人资料。 DICOM格式的文件可以使用MicroDicom软件打开。一个Dicom文件包含了基本的病人信息以及图像信息。病人信息包括病人ID、姓名、检查日期、检查时年龄等。图像数据包括数据位数、符号位、宽高等。

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